Η απόφαση προβλέπει την άμεση κοινοποίηση κάθε υπόνοιας ή επιβεβαίωσης καταγεγραμμένης νόσου στην αρμόδια κτηνιατρική αρχή. Τα μέτρα περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, την απομόνωση της εκμετάλλευσης, τον επίσημο κτηνιατρικό έλεγχο, περιορισμούς στις μετακινήσεις ζώων, προϊόντων, οχημάτων και προσώπων, καθώς και καθαρισμό, απολύμανση και επιδημιολογική διερεύνηση.
Ειδικά για τον αφθώδη πυρετό, γύρω από την προσβεβλημένη εγκατάσταση οριοθετείται ζώνη προστασίας ακτίνας τουλάχιστον τριών χιλιομέτρων και ζώνη επιτήρησης ακτίνας τουλάχιστον δέκα χιλιομέτρων. Στις ζώνες εφαρμόζονται απογραφή των εκμεταλλεύσεων, κτηνιατρικές εξετάσεις και αυστηροί περιορισμοί στη διακίνηση ζώων και προϊόντων. Τα μέτρα στη ζώνη επιτήρησης παραμένουν σε ισχύ έως ότου παρέλθουν τουλάχιστον 30 ημέρες από τη θανάτωση και την απολύμανση στην αρχική εστία και ολοκληρωθεί κλινική και ορολογική έρευνα με αρνητικά αποτελέσματα.
Σε περίπτωση επιβεβαιωμένης εστίας, προβλέπονται η θανάτωση ζώων σύμφωνα με το ενωσιακό δίκαιο, η ασφαλής διάθεση πτωμάτων και ζωικών υποπροϊόντων, η διαχείριση δυνητικά μολυσμένων υλικών, καθώς και πλήρης επιδημιολογική έρευνα και ιχνηλάτηση.
Ιδιαίτερη σημασία για τους κτηνοτρόφους έχει και η υποχρέωση τήρησης επικαιροποιημένων αρχείων για όλα τα πρόσωπα που επισκέπτονται την εγκατάσταση, τα οποία πρέπει να διαβιβάζονται στην αρμόδια αρχή κατόπιν σχετικού αιτήματος.
Για τον αφθώδη πυρετό προβλέπεται, αποκλειστικά ως μέτρο έκτακτης ανάγκης, η δυνατότητα εφαρμογής προστατευτικού ή κατασταλτικού εμβολιασμού. Ο εμβολιασμός ρουτίνας ή ο προληπτικός εμβολιασμός απαγορεύεται, ενώ ο εμβολιασμός έκτακτης ανάγκης μπορεί να εφαρμοστεί μόνο μετά την επιβεβαίωση της νόσου, κατόπιν σχετικής απόφασης και υπό τον αυστηρό έλεγχο της Διεύθυνσης Υγείας των Ζώων του ΥΠΑΑΤ.
Ο προστατευτικός εμβολιασμός πραγματοποιείται σε καθορισμένη ζώνη με στόχο την προστασία ευαίσθητων ζώων που πρόκειται να διατηρηθούν στη ζωή μετά την ολοκλήρωση της επιζωοτίας, ενώ ο κατασταλτικός εφαρμόζεται εντός της ζώνης προστασίας ή σε συγκεκριμένες μολυσμένες ή ύποπτες εκμεταλλεύσεις, σε συνδυασμό με πολιτική ολικής θανάτωσης, με σκοπό τη μείωση του ιικού φορτίου και του κινδύνου διασποράς πριν από τη θανάτωση των ζώων.
Τα εμβολιασμένα ζώα σημαίνονται και καταγράφονται, ενώ στη ζώνη εμβολιασμού εφαρμόζονται ειδικοί περιορισμοί στις μετακινήσεις και στη διάθεση προϊόντων ζωικής προέλευσης, καθώς και συστηματική κλινική και ορολογική επιτήρηση. Η ανασύσταση πληγείσας εκτροφής μπορεί να πραγματοποιηθεί μόνο εφόσον δεν ισχύουν περιοριστικά μέτρα και κατόπιν έγκρισης και επίβλεψης της αρμόδιας κτηνιατρικής αρχής.
